学校根据教育部、重庆市相关文件精神，构建了“国家、学校”“二级”较完善研究生奖助体系，制定了《重庆工商大学研究生国家奖学金管理办法》、《重庆工商大学研究生国家助学金管理办法》、《重庆工商大学研究生学业奖学金管理办法》、《重庆工商大学研究生单项奖学金管理办法》等研究生奖助制度。学业奖励和资助平均超过16000元/生/年。
其中，研究生国家奖学金生均20000元/生，覆盖面3%左右；研究生国家助学金生均6000元/生/年，覆盖面100%；新生奖学金7000－9000元/生，覆盖面100%；研究生学业奖学金4000－10000元/生/年，覆盖面85%；研究生单项奖学金500－3000元/生，覆盖面15%；研究生科研创新基金5000元/项，覆盖面30%；国际学术交流及境外学习实践资助基金4000－10000元/生，覆盖面10%；研究生助管岗位津贴4000元－5000元/生/年，覆盖面15%。此外，管理科学与工程研究生院还设有“研究生科研创新基金”资助计划，制定了“研究生学术科研活动资助管理办法”。
